윈도우에서는 이런일이 없었는데 Ubuntu에서는 이따금씩 Eclipse PDT가 이상한 에러를 낼 때가 있다.
지금은 해결된 상태라 정확히 말할 순 없지만 역시 검색해보니 답이 나왔다.
근본적인 해결은 아니지만 어느 정도 해결이라 할 수 있다.

프로젝트 디렉토리에 .cache란 것이 있는데 거기에 .******** 어쨌든 모델링에 관련된 뭔가의 파일이 있다.
그것을 삭제하고 다시 프로젝트를 로드하면 문제가 사라진다.

이 문제에 대한 자세한 해결상황은 이 곳에서..

http://lars.kneschke.de/index.php?/archives/15-Eclipse-PDT-An-internal-error-occurred-during-Building-PHP-projects-.....html